Zaštita mora obuhvaća mjere zaštite mora uključujući morski ekosustav i obalno područje kao nedjeljive cjeline, sprječavanje štetnih zahvata na morski ekosustav, sprječavanja onečišćenja mora iz zraka, s kopna, s plovila i drugih onečišćivača uslijed pomorskog prometa uključujući i onečišćenje prouzročeno odbacivanjem s brodova ili iz zrakoplova sa svrhom potapanja ili spaljivanjem na moru, te prekograničnog onečišćenja, kao i sprječavanje onečišćenja uslijed velikih nesreća i uklanjanje njihovih posljedica.
Zaštita mora od onečišćenja podrazumijeva: upravljanje obalnim područjem, morskim dnom i morskim podzemljem te morskim okolišem, gospodarenje ribama i drugim morskim organizmima tako da se ne uzrokuje šteta morskom okolišu; osiguravanje održive marikulture trajnim praćenjem stanja i posebnom zaštitom odgovarajućih područja mora, podmorja i obale; te ispunjavanjem obveza iz međunarodnih ugovora.
Zaštita obalnog područja obuhvaća mjere zaštite obalnih ekosustava i održivo upravljanje obalnim resursima. Treba poduzeti sve odgovarajuće mjere kako bi spriječila, smanjila i suzbila onečišćenje morskog okoliša u skladu s ovim Zakonom i posebnim propisima.